20世紀から約1000年後の未来外宇宙へと進出した地球人は謎の異星人イルミダス星人との戦いに敗れ難民化した地球人は絶望しイルミダス占領下の地球へ失意の帰還をしていた そんな屈辱の中難民達を地球へと送り届けていた若き日のハーロックの大山トチローとエメラルダスとの運命の出会いそしてハーロックが愛した生涯ただ一人の女性マーヤへの愛と別れを描くハーロック一族の先祖ファントム・F・ハーロックの記憶から辿ることから始まる
